Miałem do czynienia z tym samym problemem.
Otworzyłem słoik i stwierdziłem, że folder widoków został zakopany, a dodatkowy folder głębiej niż się spodziewamy. Powinno działać wystarczająco długo, dopóki nie naprawią tego w następnej wersji.
Szybkie rozwiązanie, które zadziałało dla mnie:
#extract folder
jar xfv logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views
#move files around
cp -r logstash/web/views/views/ logstash/web/
rm -rf logstash/web/views/views
# push files in jar
jar uvf logstash-1.1.11.dev-flatjar.jar logstash/web/views/
