Na wypadek, gdyby ktoś inny napotkał ten błąd. To problem z pyenv. Nawet po
sudo apt-get install python3-gdbm
biblioteka zostanie zainstalowana w systemie, ale nie w pyenv. Więc rozwiązanie opisane tutaj:
GDBM nie działa z Pythonem 3.6 i anakondą
Kroki będą takie same dla pyenv.