Obecnie nie ma możliwości filtrowania osadzonych dokumentów w sposób, który opisujesz. Korzystanie z notacji z kropkami umożliwia dopasowanie na osadzonym dokumencie, ale cały dokument, nadrzędny i wszystkie, zostaną zwrócone. Możliwe jest również wybranie pól, które zostaną zwrócone, ale to również nie pomaga w twoim przypadku.
Mamy przypadek „wirtualnych kolekcji”, który zaimplementowałby pożądaną funkcjonalność; możesz na to zagłosować:
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
W międzyczasie prawdopodobnie powinieneś traktować komentarze jako własną kolekcję. Ogólnie rzecz biorąc, jeśli musisz samodzielnie pracować z danym zbiorem danych, uczyń go kolekcją. Jeśli jest lepiej pomyślany jako część innego zestawu, lepiej go osadzić.