Jesteś tak blisko! Pamiętaj, że twoja najbardziej zewnętrzna „treść” to sama tablica. Więc następująca zmiana 2 znaków działa, użyj content.$.assets wewnątrz wartości $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zbliż się.
