Jak usunąć zduplikowane wpisy z tablicy?

Od MongoDB 2.2 możesz używać frameworka agregacji z $unwind , $group i $project etap, aby to osiągnąć:

db.users.aggregate([{$unwind: '$favorites.books'},
                    {$group: {_id: '$_id',
                              books: {$addToSet: '$favorites.books'},
                              name: {$first: '$name'}}},
                    {$project: {'favorites.books': '$books', name: '$name'}}
                   ])

Zwróć uwagę na potrzebę $project zmienić nazwy favorites pole, ponieważ $group pola agregujące nie mogą być zagnieżdżane.