Być może Twój kursor przekroczył limit czasu na serwerze. Aby sprawdzić, czy to jest problem, spróbuj ustawić timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Zobacz http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Jeśli był to problem z przekroczeniem limitu czasu, jednym z możliwych rozwiązań jest ustawienie batch_size (s. inne odpowiedzi).
