Musisz wywołać mongoose.disconnect() aby zamknąć połączenie, ale musisz też poczekać, aż wszystkie save wywołania zakończyły swoją pracę asynchroniczną (tj. wywołały swoje wywołanie zwrotne), zanim to zrobiły.
Więc albo zliczaj, ile jeszcze pozostało do śledzenia, albo użyj struktury kontroli przepływu, takiej jak async zrobić coś bardziej eleganckiego.