mongod domyślna lokalizacja bazy danych to /data/db/ .
Jeśli uruchomisz ps -xa | grep mongod i nie widzisz --dbpath co wyraźnie mówi mongod aby spojrzeć na ten parametr dla lokalizacji bazy danych i nie masz dbpath w pliku mongodb.conf , wtedy domyślną lokalizacją będzie:/data/db/ i powinieneś tam zajrzeć.