Jak porównać 2 kolekcje mongodb?

Możesz spróbować użyć mongodb eval w połączeniu z niestandardową funkcją równości, coś takiego.

Twoje metody nie działają, ponieważ w pierwszym przypadku porównujesz odwołania do obiektów, które nie są takie same. W drugim przypadku nie ma gwarancji, że to_json wygeneruje ten sam ciąg, nawet dla tych samych obiektów.

Zamiast tego wypróbuj coś takiego:

var compareCollections = function(){
    db.test1.find().forEach(function(obj1){
        db.test2.find({/*if you know some properties, you can put them here...if don't, leave this empty*/}).forEach(function(obj2){
            var equals = function(o1, o2){
                // here goes some compare code...modified from the SO link you have in the answer.
            };

            if(equals(ob1, obj2)){
                // Do what you want to do
            }
        });
    });
};

db.eval(compareCollections);

Dzięki db.eval zapewniasz, że kod będzie wykonywany po stronie serwera bazy danych, bez pobierania kolekcji do klienta.