Wygląda na to, że nie ma sposobu na wykluczenie pola (takiego jak _id ) za pomocą mongoexport.
Oto alternatywa, która sprawdziła się dla mnie w przypadku baz danych średniej wielkości:
mongo myserver/mydb --quiet --eval "db.mycoll.find({}, {_id:0}).forEach(printjson);" > out.txt
W przypadku dużej bazy danych (wiele milionów rekordów) może to chwilę potrwać, a uruchomienie tego wpłynie na inne operacje, które ludzie próbują wykonać w systemie:
