from
pole w $lookup to nazwa kolekcji, a nie nazwa zmiennej modelu. Więc jeśli inicjujesz model w ten sposób
db.model('User', userSchema)
to zapytanie wyszukiwania powinno mieć postać
commentModel.aggregate([{$lookup: {
from: 'users',
localField: 'author',
foreignField: '_id',
as: 'common'
}])