Tak, dropDups zniknął na dobre. Ale zdecydowanie możesz osiągnąć swój cel przy odrobinie wysiłku.
Musisz najpierw znaleźć wszystkie zduplikowane wiersze, a następnie usunąć wszystkie z wyjątkiem pierwszego.
db.dups.aggregate([{$group:{_id:"$contact_id", dups:{$push:"$_id"}, count: {$sum: 1}}},
{$match:{count: {$gt: 1}}}
]).forEach(function(doc){
doc.dups.shift();
db.dups.remove({_id : {$in: doc.dups}});
});
Jak widzisz doc.dups.shift()
usunie pierwszy _id z tablicy, a następnie usuń wszystkie dokumenty z pozostałymi _ids w tablicy dups.
powyższy skrypt usunie wszystkie zduplikowane dokumenty.