Miałem ten sam problem. _id w mojej kolekcji DB to String . Po włączeniu debugowania mongoose require('mongoose').set('debug', true) , dowiedziałem się, że zapytanie mangusty id jako ObjectId("yourId") chyba że zdefiniujemy _id w schemacie. Aby rozwiązać problem musiałem dodać _id:String do schematu mangusty.
const MyDataSchema = new Schema({
_id: String,
...
...
}