Co zadziałało dla mnie w Fedorze 20:musimy tworzyć katalog tymczasowy przy każdym uruchomieniu, a to jest obsługiwane przez systemd-tmpfiles. Utwórz więc plik /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf i umieść w nim jedną linię:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Wydaje się, że poradzi sobie z tym przy ponownym uruchomieniu; jeśli nie chcesz od razu restartować, możesz to zrobić za pomocą:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Zobacz strony podręcznika systemd-tmpfiles)