Wykonanie aktualizacji na ścieżce „_id” zmodyfikowałoby niezmienne pole „_id”

Wygląda na to, że musisz zaktualizować tylko jeden Inventory nagrywać. Możesz po prostu to zrobić:

app.put("/api/inventory/:sku", (req, res, next) => {
  return Inventory.updateOne(
    { sku: req.params.sku },  // <-- find stage
    { $set: {                // <-- set stage
       id: req.body.id,     // <-- id not _id
       sku: req.body.sku,
       total_qty: req.body.total_qty,
       current_qty: req.body.current_qty
      } 
    }   
  ).then(result => {
    res.status(200).json({ message: "Update successful!" });
  });
});

Nie ma potrzeby tworzenia nowego Inventory itp., ponieważ wszystko, czego potrzebujesz, to aktualizacja istniejącego na podstawie sku

Oto więcej dokumentacji na temat updateOne