Ideą MongoDB jest wyeliminowanie (lub przynajmniej zminimalizowanie) danych relacyjnych. Czy rozważałeś umieszczenie danych o frekwencji bezpośrednio w rekordach każdego ucznia? W rzeczywistości jest to preferowany wzorzec projektowy dla MongoDB i może skutkować znacznie lepszą wydajnością i skalowalnością.
Jeśli naprawdę potrzebujesz wysoce relacyjnych i znormalizowanych danych, możesz ponownie rozważyć użycie MongoDB.