Możesz przekroczyć limit 2 Gb przez sharding. Limit 2 GB dotyczy poszczególnych procesów mongod, a nie wszystkich danych w zestawie danych podzielonych na fragmenty.
Tutaj jest dokumentacją dotyczącą rozpoczęcia pracy z shardingiem. Istnieje również skrypt Pythona do konfiguracji sharded środowisko na jednym komputerze . Zakładam, że będzie działać w systemie Windows.