Spring Data Mongo:upsert z różnymi polami zaktualizowanymi

Wierzę, że to, czego szukasz, to $setOnInsert dla subdocument1 . Więc coś takiego powinno działać dla Ciebie.

Query query = Query.query(Criteria.where("_id").is("some_id"));
Update update = Update.update("_id", "some_id")
                .set("field1", "value1")
                .set("field2", "value2")
                .set("subdocument2", subdocumentObject2)
                .setOnInsert("subdocument1", subdocumentObject1);

Więcej tutaj https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operator/aktualizacja/ustawOnInsert/