Mangusta, wyciągnij z poddokumentu

Wygląda na to, że MongooseArray#pull metoda działa tylko wtedy, gdy twoje elementy mają _id właściwości.

Łatwiej mi jest używać bezpośrednich połączeń do update aby uniknąć tego rodzaju niespodzianek:

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);