Nie mogę znaleźć żadnych dokumentów dotyczących tego prostego przypadku, więc rozumiem, dlaczego masz problemy. Ale to tak proste, jak użycie $set
z kluczem, który używa notacji kropkowej do odwoływania się do osadzonego pola:
OrganizationModel.update(
{name: 'Koka'},
{$set: {'address.street': 'new street name'}},
callback);