Możesz użyć
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", doc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
Jednak powinieneś być ostrożny.
Jeśli najpierw zdeserializujesz swój dokument do SomeObject, wszystkie pola otrzymają swoje domyślne wartości (null dla stringów, 0 dla ints itd.). A jeśli użyjesz tego obiektu do aktualizacji, pola, które nie istniały w ciągu json, zostaną zaktualizowane do ich wartości domyślnych.
Jeśli używasz
var bsonDoc = BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>(jsonString);
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", bsonDoc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
twój dokument w bazie danych zostanie zaktualizowany tylko dla pól, które są obecne w twoim jsonString