Cóż, jedyny sposób, w jaki możesz to skonstruować, to:
content = {};
content["Parent"] = {}
content["Parent"]["key2"] = 1
content["Parent"]["key 3"] = 1
db.coll_name.insert(content)
Ale wydaje się, że brakuje Ci tego, że nie ma w tym nic złego:
db.coll_name.find({ "Parent.key 3": 1} )
Lub w projekcji
db.coll_name.find({}, { "Parent.key 3": 1 })
Jest to "notacja z kropkami" a nie notacji obiektowej i tak długo, jak cytujesz nazwy klawiszy (co jest obowiązkowe w przypadku notacji kropkowej), wszystko jest w porządku i możesz mieć tam spację.