Sterownik C# (lub jakikolwiek inny sterownik) nie jest przeznaczony do "bezpośredniego" uruchamiania poleceń powłoki mongo. Po to jest skorupa. To, co musisz zrobić, to przetłumaczyć polecenia powłoki mongo na równoważne instrukcje C#.
Jeśli chcesz uruchamiać polecenia powłoki mongo, uruchom je w powłoce mongo.