Zakładam, że twój problem polega na tym, że aktualizowany jest tylko jeden dokument, prawda? W takim przypadku istnieje inne ustawienie, które należy określić w trzecim parametrze (parametr options) dla metody aktualizacji:
multiple => true
W przeciwnym razie zaktualizuje tylko pierwsze dopasowanie zapytania. Zobacz dokumentację metody aktualizacji pod adresem:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php
