Mogę potwierdzić, że jest to zdecydowanie coś z systemem operacyjnym, ponieważ zaktualizowałem i mam również ten sam problem. Obecnie się w to zagłębiam, jeśli coś znajdę, dam ci znać!
AKTUALIZACJA:
Po przeprowadzeniu pewnych badań wydaje się, że ma to związek z zależnością Go, której używa MongoDB. Obecnie MongoDB używa wersji 1.4.2. Okazuje się, że są problemy ze starszymi wersjami Go na macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 wyjaśnia, że problem został rozwiązany w wersji 1.7. O ile nie istnieje sposób, aby MongoDB wskazywał na Go v1.7, nie jestem pewien, czy zostanie to rozwiązane, dopóki MongoDB nie zaktualizuje swoich zależności.
AKTUALIZACJA 2: Planowałem zgłosić błąd w MongoDB dotyczący tego problemu, dopóki nie natknąłem się na to... https://jira.mongodb.org/browse/TOOLS-1450 . Wygląda na to, że MongoDB 3.2.10 użyje Go v1.7 i powinien naprawić problemy, które ty i ja widzimy.
