Miałem ten sam problem z mongo 3.0.0 i 3.1.9 ze stosunkowo małą bazą danych (12 GB).
Po zmarnowaniu około 4 godzin czasu znalazłem obejście za pomocą ukrytego parametr
mongorestore --batchSize=10
gdzie liczba różni się w zależności od charakteru Twoich danych. Zacznij od 1000.