Ok, znalazłem rozwiązanie, aby uzyskać ciąg base64 do formatu GUID w węźle, aby go przekonwertować, należy to zrobić:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
a teraz mogę wysłać zapytanie do bazy danych w następujący sposób:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});