nie można wykonać zapytania przez ListField(EmbeddedDocumentField)

Musisz wykonać $elemMatch [1] zapytanie i obecnie nie ma dla niego wbudowanej obsługi w mongoengine. Musisz zrobić surowy zapytanie takie jak:

Agent.objects.filter(
    name='ashraf',  
    __raw__={"skills": {
        "$elemMatch": {
            "level": {"$gt": 5}, 
            "name": "Computer Skills"
        }
    }}
)

[1] http://www.mongodb.org/display /DOCS/Zaawansowane+zapytania#AdvancedQueries-%24elemMatch