Oprócz odpowiedzi gregora, użycie Guids uniemożliwi obecnie korzystanie z nowego frameworka agregacji, ponieważ jest on reprezentowany jako typ binarny. Niezależnie od tego możesz robić to, co chcesz w łatwiejszy sposób. Dzięki temu biblioteka mongodb bson wykona konwersje za Ciebie.
public class MyClass
{
[BsonRepresentation(BsonType.String)]
public Guid Id { get; set;}
}