Ten sam problem z uprawnieniami WiredTiger.turtle. Ubuntu 18.04 Mój problem polegał na tym, że uruchomiłem usługę mongod z sudo. Spowodowało to utworzenie plików z własnością root:root w moim katalogu bazy danych. Podczas uruchamiania usługi mongod bez sudo otrzymałem błąd odmowy uprawnień.
Rozwiązaniem była zmiana właściciela wszystkich plików w katalogu db z powrotem na mongodb:mongodb
$ sudo chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb/*
