Problemem jest import kołowy (fish.js wymaga user.js który wymaga fish.js itp.).
Możesz obejść ten problem, rozwiązując klasę modelu w czasie wykonywania:
UserSchema.methods.fishes = function(callback) {
mongoose.model('Fish').find({user: this._id}, function(err, fishes) {
callback(err, fishes);
});
};