Należy utworzyć dodatkowe pole z zagnieżdżonym rozmiarem tablicy i użyć $inc aby zaktualizować to pole.
Możesz także użyć $ gdzie , ale działa bardzo wolno.
Wyszukujesz według długości zagnieżdżonej tablicy w następujący sposób:
db.coll.find({ $where: "this.nestedArray.length > 3" });
Ale jak powiedziałem, lepiej stworzyć dodatkowe pole.