Jeśli naprawa nie działa, to niestety nie masz szczęścia.
Zakładam, że nie masz włączonej funkcji księgowania ani żadnych kopii zapasowych. Gorąco zachęcam do biegania z włączonym dziennikiem i stosowania jednej ze strategii tworzenia kopii zapasowych opisanych tutaj . Migawka LVM jest łatwa do wdrożenia, dość szybka i niezawodna.
Lepiej jest również uruchomić MongoDB w systemie 64-bitowym. 32-bit ogranicza Cię do 2 GB danych . Mówisz, że „zabrakło Ci miejsca”?