Wiem, że ten wątek jest nieco starszy, ale zastanawiam się, czy zdecydowałeś się na strukturę i czy działa dobrze.
Moim pomysłem było, zamiast ryzykować tworzenie zbyt dużych dokumentów, ustrukturyzować je podobnie jak w twoim drugim podejściu, ale umieścić datę w głównej kolekcji. W ten sposób każdy dokument byłby czynnością użytkownika w ciągu jednego dnia. Byłby indeksowany według użytkownika i daty, łatwy do aktualizacji i wyszukiwania oraz do utrzymywania porządku.
Coś takiego:
{ uid:100, date:xxxxxxx, event:[{time:xxxxxxx, url:abc.php},
{time:xxxx, url:def.php},
{.........................}]}