Czy zrestartowałeś Flask/serwer sieciowy, ponieważ dokumenty są prawdopodobnie przechowywane w pamięci podręcznej modułu. Załaduj ponownie moduł, ponownie uruchamiając serwer WWW, a tych definicji nie będzie i nie spowoduje to błędu — MongoEngine nie przechowuje żadnych informacji o stanie schematu w danych mongoDB.