Nie wygląda na to, że podwójne cudzysłowy są przechowywane w polu Mongo jako część ciągu. Gdyby tak było, wynik JSON wyglądałby mniej więcej tak:
{ "database" : "\"mkyongDB\"" }
Jest to więc prawdopodobnie wynik przetwarzania JSON.
Czy sterownik Java deserializuje JSON do klasy DBObject? Może uzyskujesz dostęp do pola, wywołując coś takiego jak dboject.get("database")
i rzutujesz wynik na ciąg znaków?
Warto również zajrzeć do Java Language Center , istnieje mnóstwo linków do samouczków, bibliotek i frameworków do mapowania POJO, które mogą ułatwić życie.