To zależy od rodzaju aktualizacji, które wprowadzasz. Jeśli te aktualizacje powiększą twój dokument (wypychanie tablicy lub podobne), to tak, będziesz mieć pewną fragmentację. Aktualizacje na miejscu ($inc) nie powodują przeniesienia dokumentu (brak fragmentacji).
Nawiasem mówiąc, nie jest to fragmentacja per se, a raczej zmarnowana przestrzeń. Oznacza to, że jeśli dokument zostanie przeniesiony do nowej lokalizacji, jego stara lokalizacja nie zostanie ponownie wykorzystana.