Nie widzę też innego sposobu, zaimplementowałem coś takiego wcześniej i nie miałem problemu.
W Twoim przypadku powinno być tak, przekazujesz $follower_ids
określonego użytkownika tablica jako argument funkcji:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
A jeśli zindeksujesz statusy (jeśli masz wystarczająco dużo pamięci, aby to zrobić) na owner_id, uzyskasz wyniki naprawdę szybko.
Mam nadzieję, że to pomoże, Sinan.