Jak zwrócić agregację podtablic z filtrem na najwyższej tablicy?

Możesz spróbować poniższej agregacji:

ChoreChart.aggregate([
    { "$match": { "affiliation": affiliation, "year": week.year, "weekNumber": week.number } },
    {
        $addFields: {
            chart: {
                $filter: {
                    input: "$chart",
                    cond: { $eq: [ "$$this.ordinal", 2 ] }
                }
            }
        }
    }
])

$addFields zastępuje istniejące pole i $filter filtruje tablicę wewnętrzną. Dodatkowo, ponieważ twój ordinal to liczba, którą musisz również podać w zapytaniu, a nie jako ciąg.