Po prostu zadeklaruj natywną funkcję javascript, która może porównywać dwa obiekty w potrzebny sposób, a następnie napisz kod taki:
obj1 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f80981f1e2878e840888")})
obj2 = db.test.findOne({"_id" : ObjectId("5176f82081f1e2878e840889")})
difference(obj1, obj2)
Niektóre natywne funkcje różnicujące javascript można znaleźć tutaj lub tutaj
PS Możesz także załadować biblioteki js innych firm z powłoki w następujący sposób:
load("D:\difference.js")
Mam nadzieję, że ta pomoc.