Krótka odpowiedź na twoje pytanie brzmi; nie. Jedyną dostępną opcją jest przechowywanie każdej unikalnej pary jako pojedynczego elementu tablicy. Więc zamiast :
{a:[1,2], b:[8,9]}
przechowujesz
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Oczywiście ma to kilka wad, więc to, czy jest to odpowiednie obejście, zależy od konkretnego przypadku użycia. Zgadzam się jednak, że mongo nie powinno odrzucać wielu indeksów tablicy tylko dla idiotów. Jest to dobra funkcja dla tablic o małej/niskiej kardynalności.