Mongodb nie aktualizuje się, gdy używam tego

{_where : what } traktuje _where jako String literał, który jest odpowiednikiem:{"_where":what} . Dlatego nie otrzymujesz żadnych zaktualizowanych wyników, ponieważ nie ma pola takiego jak _where . Musisz przypisać go w poniższy sposób, aby działał.

exports.updateUsers = function ( user_id, where, what, pass )  {
    var _where = 'settings.'+where; //when I use it doesn't update
    var update = {};
    update[_where] = what;
    user.findOneAndUpdate(
          {'user_id' : user_id}, 
          update).exec(function(e,d){
            pass("ok")
          })
};

update[_where] = what; rozwiązuje wartość w _where zmienna.