Zapisując obiekt do Mongo DB musisz zrozumieć, że Mongo DB posiada system kontroli wersji. Pomaga to zapewnić, że jeśli zapiszesz obiekt raz, podczas ponownego zapisywania go nie nadpiszesz wcześniej zapisanych danych.
To jest błąd, który widzisz. Jeśli chcesz wymusić aktualizację obiektu niezależnie od kontroli wersji w tym konkretnym przypadku, możesz użyć .update() zamiast. Wymusi to aktualizację obiektu bez względu na jego aktualnie zapisany stan.
Dzieje się tak, ponieważ .save() obserwuje i dba o kontrolę wersji, podczas gdy .update() zaktualizuje obiekt niezależnie od kontroli wersji.