Nie jestem pewien, czy chcesz używać skryptów MongoDB, czy języka aplikacji (Nodejs, jeśli się mylę)
Tak to działa w Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Jeśli nie tego chcesz, zaktualizuj swój post i dodaj język/framework, którego używasz