zmień localhost na 127.0.0.1 w /etc/phpmyadmin/config.inc.php
$cfg['Servers'][$i]['host'] = '127.0.0.1';
Powodem tego jest to, że pma próbuje połączyć się z mysql.socket, jeśli używasz localhost. Jeśli używasz 127.0.0.1, PMA tworzy połączenie TCP, które powinno działać.