Odkryłem, że w moim pliku konfiguracyjnym phpMyAdmin wklejono następujące ustawienie od tego, kto wie, jaką poprzednią poprawkę wydajności wprowadziłem.
$cfg['MaxExactCount'] = 0
Wyłączyło to korygowanie szacunków InnoDB. Skomentowałem ten wiersz i oczywiście rozwiązałem problem