Zwiększ limit pamięci swojego php i czas skryptu, ponieważ wykonujesz instrukcję mysql przez serwer php.
Sprawdź plik php.ini pod kątem tych zmiennych:
memory_limit
max_execution_time
Ale i tak zrobiłbym to przez klienta mysql (terminal), sprawdź mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Dokumentacja Mysql — ładowanie składni pliku danych Dokumentacja PHP - podstawowe ustawienia Ini
