Najłatwiejszym sposobem zmiany domyślnego silnika jest zalogowanie się do phpMyAdmina a następnie przejdź do Zmienne>> silnik pamięci
kliknij edytuj i wpisz InnoDB .
domyślnym silnikiem przechowywania jest teraz InnoDB
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_storage_engine