Wpadłem na to samo dzisiaj po aktualizacji do 4.6.0, aby rozwiązać problem, skasowałem zawartość katalogu phpmyadmin z wyjątkiem pliku konfiguracyjnego (config.inc.php w katalogu głównym). Po wykonaniu tej czynności ponownie przesłałem 4.5.4, który można pobrać stąd https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/drzewo/MAINT_4_5_4 po prostu kliknij pobierz plik zip w prawym górnym rogu i przy okazji jest to ich oficjalne repozytorium.
