Kiedy tworzysz nową kolumnę, przypisywana jest wartość domyślna (w twoim przypadku będzie to 0), więc musisz określić, jakie będą miały wartości (poza tym możesz powiedzieć, aby kolumna była autoinkrementalna, a ona wykona pracę dla Ciebie dla nowych wpisów wierszy). Musisz zmienić wszystkie wartości, aby były różne między nimi, klucz id MUSI być unikalny
Aby zmienić wszystkie identyfikatory, w mysql możesz zrobić:
SET @new_id=0;
UPDATE your_table
SET id = @new_id := @new_id + 1
where id = 0
